1.胆道感染：肝内胆管结石的形成主要因素就是胆道梗阻和感染，感染的原因与结石的梗阻和胆道的炎性狭狭窄有关。包括重症肝胆管炎、胆源性肝脓肿会和伴随的感染性并发症。
2.继发感染：可以导致继发感染、胆源性胰腺炎或阻塞胆管导致胆汁淤积等后果。同时肝内胆管结石要是长时间的不到有效地治疗，就会产生长时间胆道感染和胆汁停留有关的迟发性肝胆管癌，严重的甚至会导致死亡。
3.肝功能失常：由于肝胆管系统与肝脏实质细胞有着直接关系，慢性并发症还会导致肝功能失常，急性重症肝胆管炎常伴有很严重的肝细胞损害，甚至导致大片的肝细胞坏死，成为良性胆道疾病死亡的主要原因。
