骨髓炎的治疗如果有坏死组织和局限感染，就应当进行外科清创。如果比目鱼肌位于损伤的区域则必须评价肌肉的活力，尤其在血管蒂部遭受显著创伤时更应如此。对比目鱼肌和其蒂部的放疗通常不妨碍其作为转位肌瓣使用；但是放疗类型、剂量以及对肌肉的大体观察可能会改变是否使用这一肌瓣的决定。对存在骨髓炎的病例必须要对深处或外露的骨质进行评价。理想的治疗要求在修复伤口之前清除所有失活的胫骨和腓骨骨块，可能需要反复多次的清创才能达到。 一旦创面做好覆盖前的准备，即应对周围组织和缺损的大小进行评估。对缺损长径的测量最为重要，因为比目鱼肌的旋转半径较小，限制其用于长的缺损。在缺损长径大于10厘米时，应用要非常慎重。
比目鱼肌肌瓣通常用于下肢的软组织修复。在多数情形下需要覆盖外瓣的胫骨。尽管这些缺损大多位于胫骨中段，有时该肌瓣可用于覆盖小腿远1／3段和内外踝的创面。大多数中段缺损位于胫前，因为小腿的后面有充足的软组织用来覆盖．不论用游离皮片还是各种筋膜皮瓣、这些缺损常因开放性骨折、骨髓炎、肿瘤切除、烧伤等引起；有时踝关节附近的软组织缺失件有关节间隙外露。显然，伤口的性质和致伤原因会影响对治疗时机和组织供区的选择。
鉴于其主要血供来源于小腿近段，比目鱼肌肌瓣用于覆盖小腿中段的缺损最为理想，其旋转轴心通常位于小腿上中1／3交界处，这势必形成一个基底宽阔、转移范围狭小的肌瓣、短而窄的缺损容易被其覆盖．大的缺损则不然、如果比目鱼肌肌腹延伸达踝关水平，则可用于小腿远端1／3和踝部的覆盖；这时应先探查肌肉远端．不然再选用其它方法。
半侧比目鱼肌肌瓣显然比整个肌瓣手术携带的组织量少，也是可靠的技术。肌瓣是以发自胫后动脉的远中穿支为蒂将基底置于远端，在转移前要确认存在有适当的穿支。这样转移的肌瓣其近端的血运相对不太可靠，不可用于特殊创口的覆盖。
比目鱼肌的血供呈阶段性并被认为具有一个主要的近端血供来源，阶段性血管来自月国 动脉、胫后动脉和腓肠动脉，在近端，这三条血管都向该肌供血，从而形成成为主要的营养来源。在小腿远段，胫后动脉供应比目鱼肌的远内侧部，腓肠动脉供应外侧部分。远段的这种供血模式足为逆行转移比目鱼肌肌瓣的解剖基础。肌瓣也可以伴行的皮动脉为基础掀起转移，尤其是在小腿的最远端。
注意避免损伤跖肌腱，跖肌腱相当于比目鱼肌的中间接缝线，因此在施行半侧比目鱼肌肌瓣转移时很有帮助。在前面将比目鱼肌与其胫骨起点分开。注意勿进入该肌前面的后深筋膜间隙，这里行走有胫后和腓肠血管神经束。从肌肉与跟腱结合处开始掀起肌瓣最为容易。将自动拉钩置于前面的胫骨和后面的腓肠肌和跟腱之间以便于暴露。要注意保全近端的血管肌支，以免影响肌瓣的血运。将比目鱼肌向外侧与胫骨分离可增加其旋转半径而不致破坏其血运；如果需要在小腿上端松解分离，必须注意避免在腓神经进入外侧肌间隔的位置将其损伤。若肌瓣血运良好，即可进行皮片移植。
